Aastatel 2000. alates tehti järk-järgulist restaureerimist ja taastamist ning selle töö raames tegeles restaureerimisega arhitekt Aivar Roosaar. Aastal 2012 avati jaamahoone taas reisijatele. See on saanud uue hingamise ja pakub nüüd külastajatele mitmeid mugavusi. Jaama ees on rattaparklad, elektriauto rendipunktid (Elmo rent) ja Tartu Smart Bike rendiparkla.

Lisaks on jaamahoones kohvik Wedur, mis pakub reisijatele ja linna külastajatele kosutavat einet ja jooke. Tartu raudteejaam on tähtis transpordisõlm Tartus ning mälestus mineviku raudteetraditsioonist ja -arhitektuurist.