Kirikul on eriline koht Eesti laulupeotraditsioonis, kuna 1869. aastal toimus siin esimene Eesti üldlaulupidu, mistõttu nimetatakse Maarja kirikut ka laulupeo hälliks.

Kahjuks hävis kirik 1941. aastal ja hoone muudeti Eesti Põllumajanduse Akadeemia võimlaks. Selles hoones sai harjutada ja võistelda spordis. Kirik naasis kogudusele alles 2009. aastal ja alates sellest ajast alustati hoone taastamist. 2022. aastal lõppesid torni taaspüstitamise tööd ja selle tipus troonib kullatud kukk.

Tartu Maarja kirik on oluline nii religioosse kui ka kultuuriloolise tähenduse poolest ning selle ajalugu peegeldab Eesti rahva ja rahvuskultuuri arengut.