Pärast Tartu ülikoolis õppimist ja töötamist suundus von Baer Königsbergi, kus ta sai zooloogia ja anatoomia professoriks. Seal laienes tema uurimisvaldkond antropoloogiasse, geograafiasse ja ihtüoloogiasse. Hiljem, 1867-1876, naasis von Baer Tartusse, kus ta veetis oma elu viimased aastad. Siin kirjutas ta oma olulise kolme köitega artiklite ja kõnede kogu ning osales aktiivselt Loodusuurijate Seltsi tegevuses, olles seltsi president alates 1869. aastast.

Karl Ernst von Baeri monument valmis aastal 1886 ning on oluline osa Tartu kultuuripärandist. Selle autoriks oli kunstnik M. Opek, ja see monument tähistab von Baeri märkimisväärset pärandit loodusteaduste valdkonnas ning tema tugevat seost Tartu linnaga. Monument on oluline mälestusmärk ja ajalooline sümbol, mis tunnustab von Baeri panust teadusesse ja tema seotust Tartu Ülikooliga.