2007. aastal tabas mõisat tulekahju, mis hävitas peahoone, jättes alles vaid müürid. Hoolimata sellest on säilinud mitmeid kõrvalhooneid, kuigi enamik neist on ümber ehitatud. Ahja mõis on tuntud ka oma kauni tiigiga pargi poolest, mis on kaitse all nii loodus- kui ka muinsuskaitse all.

Mõis koos oma pargiga on oluline ka kirjanduslikus mõttes, kuna sellel on seos Friedebert Tuglase lapsepõlve mälestuste põhjal kirjutatud raamatuga “Väike Illimar”, mis kujutab endast Ahja pärit rahvakirjaniku lapsepõlvelugusid.